rsync -v -r --delete /Volumes/quelle/3d/ /Volumes/ziel/3d/

Löscht alles in ziel/3d was nicht auf der Quell-Festplatte ist. (Um Platz zu schaffen)
Anschliessend werden die Daten die nicht auf der Zielplatte sind kopiert.

Die Option
--dry-run
zum testen der Ausführung sollte immer verwendet werden

Am Ende sollte eine 1:1 Kopie des Verzeichnisses erstellt worden sein.